Los Vengadores se enfrentan contra el amo de Red Skull llamado Thanos. Red Skull le dio el Tesseract a Thanos al final de la primera temporada. Thanos busca las Gemas del Infinito para alimentar su Guantelete del Infinito. Si bien, los Vengadores son capaces de derrotar a Thanos después de mucho trabajo duro, pero las gemas son drenadas de su poder por Ultron que amenaza con exterminar a la raza humana después de poseer el cuerpo del Arsenal. Después de los Vengadores en última instancia de derrotar a Ultron, Ant-Man se convierte en un nuevo miembro del equipo. Hacia el final de la segunda temporada, Thanos logra escapar de una cárcel galáctica que estaba destinado a contenerlo con la ayuda del Orden Negro. El Orden Negro consisten en Ebony Maw, Corvus Glaive, Black Dwarf, Proxima Midnight y Supergiant.